Вариативность по роду - довольно распространенное явление, особенно среди заимствованных слов: компонент/компонента, метод/метода, вольер/вольера и др.
Какой бы род вы ни выбрали, старайтесь придерживаться его, хотя бы в рамках одного документа, т.е.
- либо один нод, 2 нода, 5 нодов,
- либо одна нода, 2 ноды, 5 нод.
А еще есть вполне годное русское слово узел, у которого нет проблем с родом и склонением.