Сведу всю вышеупомянутую информацию в один ответ.
В праславянском языке не было личных местоимений 3-го лица, их роль выполняли различные указательные местоимения, самыми распространёнными из которых были
тъ (то, та), склонявшиеся как того, тому, и т. д.;
онъ (оно, она), склонявшиеся как оного, оному, и т. д.;
*и (*ѥ [*je], *ꙗ [*ja]), склонявшиеся как ѥго, ѥму, и т. д.;
Очень рано, похоже, что ещё в позднепраславянскую эпоху, местоимения онъ и *и, употреблявшиеся в одном значении, сливаются, образуя новое супплетивное местоимение, именительный падеж всех родов и чисел местоимения *и полностью перестаёт употребляться и заменяется именительным падежом местоимения онъ (ед. ч.: м. р. онъ, ср. р. оно, ж. р. она, мн. ч. м. р. они), остальные же падежи это новое местоимение сохраняет от *и (ѥго, ѥму, и т. д.).
Именительный падеж от *и (*ѥ [*je], *ꙗ [*ja]) исчез так давно, что ни в каких письменных источниках он не зарегистрирован, его можно увидеть лишь в сочетании с частицей -же: иже (ѥже, ꙗже) – «который (которое, которая)». С другой стороны, онъ (оно, она) в значении личного местоимения стал отличаться ударением от того же местоимения в значении указательного, личное: онó, онá; указательное: óно, óна.
В старославянском личное местоимение ж. р. в им. п. было *ꙗ [*ja], вин. п. - ѭ [jǫ], что должно было бы дать совр. *ю (что в точности соответствовало бы совр. окончаниям прилагательных: велику-ю), но оно не сохранилось, вместо него с развитием категории одушевленность-неодушевленность стал использовался род. п. этого же местоимения, ѥѩ [jeję], который и дал ея. Именно эту форму и использовал русский литературный письменный язык, ориентировавшийся на старославянскую/церковнославянскую орфографию.
В устной речи, однако, издревле, примерно с XII-XIII в. использовалась форма её. Дело в том, что в общевосточнославянском языке род. п. от *ꙗ [*ja] был не ѥѩ [jeję], а ѥѣ [jejě]. Очень рано [ě] перешло в [e], которое в свою очередь было заменено на [о] по аналогии с твёрдыми вариантами склонения существительных и местоимений, так под влиянием то, оно, само возникают формы [mo'jo], [tvo'jo], [vsʲo], ср. украинские моє, твоє, все.
Реформа правописания 1918 года всё поставила на свои места, мёртвое церковнославянское ея было отменено, а живое русское её стало орфографической нормой.
Сходство падежных окончаний прилагательных с формами косвенных падежей местоимений 3-го лица объясняется тем, что к прилагательным в краткой форме добавлялись личные местоимения 3-го лица, образовывая определённую форму прилагательных, как бы с определённым артиклем, это называется местоименные прилагательные, другое название – членные прилагательные, от них и происходят современные русские полные прилагательные.
——————————————————————————
О происхождении формы её можно почитать в книге: Иванов В. В., «Историческая грамматика русского языка», 3-е изд., М., 1990
– возникновение формы её: §199, стр. 283-284
– замена [e] на [о]: §125, стр. 184
– краткие и полные прилагательные, их окончания: §§205-213, стр. 291-300