Согласно правилам (http://www.bibliotekar.ru/russkiy-yazik-2/122.htm), слова мужского рода во множественном числе в родительном падеже обычно имеют окончание -ов, а женского рода — обычно нулевое. Есть исключения для некоторых видов нарицательных слов (парных предметов, некоторых родов войск и национальностей, единиц измерения).
Между тем, чуть ли не все острова в родительном падеже имеют нулевое окончание: Мальдив, Канар, Мальвин, Курил (самое явное исключение — Гавайев). То же самое с горами: Карпат, Альп, Апеннин. То же с греческими городами: Афин, Фив, Сиракуз. Ещё Канн (вроде бы). Но: Сочей, Ессентук(ов).
Гипотеза про женский род не подходит: остров и город — мужского рода.
По какой причине мы выбираем нулевое окончание?