Только три процента всей воды на Земле явля(Е/Ю)тся пресной

Question

Только три процента всей воды на Земле явля(Е/Ю)тся пресной

What letter should I choose there? Е or Ю?

Answer 1

In this case the following rule would apply (Rosenthal et al., №184.2):

Форма единственного числа сказуемого указывает на совокупность предметов, форма множественного числа – на отдельные предметы. Ср.: В городе строится пять объектов соцкультбыта (единое нерасчлененное представление о действии). – В крупнейших городах страны строятся еще пять объектов соцкультбыта (расчлененное представление о действии).

Since we do not refer each percent separately, we should use the singular form.

Answer 2

три процента ... являются, так как "являться" - глагол относится к 1 спряжению. http://www.gramota.ru/class/coach/tbgramota/45_91