В русском языке сочетание "в Украине" используется издавна.
Господин гетман, <...> того ради вам надлежит итти по Киева, в Украйну свою и смотреть того, о чем уже вы известны. (К Мазепе)
А ныне по всем обстоятелствам идет в Украйну [чево болше не чаю для лесов]. (К Б. Шереметьеву)
Из писем императора Петра Великого, июль-декабрь 1708 г.
Итак, я еду в Украйну, а Вы, крокодил, остаетесь в тундре. (Из письма А. П. Чехова И. Леонтьеву)
Багратион долго не присоединяется (хотя в этом главная цель всех начальствующих лиц) потому, что ему кажется, что он на этом марше ставит в опасность свою армию и что выгоднее всего для него отступить левее и южнее, беспокоя с фланга и тыла неприятеля и комплектуя свою армию в Украине. (Л.Н.Толстой."Война и мир")
В текстах 18-19 века из Корпуса русского языка, сочетания "в Украине" и "на Украине" встречаются примерно одинаково часто (20 и 28 раз), и без всякой связи с политикой.
"В Украине" продолжало употребляться и после революции, например:
Дошкольные учреждения охватывают детей с 3 ― 8-летнего возраста, и установленный в Украине законом прием детей в дошкольные учреждения с 4-летнего возраста обусловливается не принципиальным расхождением с РСФСР, а соображениями практического порядка. (Резолюция совещания наркомов просвещения СССР о системах народного просвещения. (1920-1925)
...участники «право-троцкистского блока» подготовляли повстанческие банды в Сибири, на Северном Кавказе, в Украине, Белоруссии, Узбекистане и других местностях Советского Союза. (Из приговора Военной Коллегии Верховного Суда СССР по делу «право-троцкистского блока», 1938)
Но после 1938 года употребление "в Украине" прекращается до 2000 года (ссылка), за единственным исключением "Памятных записок" Кагановича (1961-1991).
Как и почему словосочетание "в Украине" вдруг исчезло?