The first sounds like an unfinished sentence, like a clause because пока in your sentence means while.In the morning while it's dark or while it's still dark...(С утра пока темно...or С утра, пока еще темно,я готовлю завтрак).
The second is OK.In the morning it's still dark. It sounds like a background for a story.
Пока and еще have got several meanings. The main are:
1.at the moment, now, waiting for some time.
Я пока подожду.
Пока мне ста рублей достаточно.
2 пока еще or пока--still, yet
Пока еще ждем.(we are still waiting).Пока еще не уехали.(we haven't left yet.)
3.пока--while
Куй железо, пока горячо.(Make hay while the sun shines)
4пока--until
Сиди здесь, пока не приду.(Stay here till I come).
ЕЩЁ,
1. (ещё). --again
Ещё раз.
(ещё) --in addition с предшествующими союзами, и, да.
Дайте мне масла, муки и ещё сахару. Он способный, образованный, да ещё добрый.
| Он мало способен, да еще ленив.
(еще). already
Дом сгорел еще в прошлом году.
4.еще--still
. Молод ты еще, чтоб курить.
5еще--having enough time
. Я еще успею на поезд.
- (ещё) --more при прил. и нареч. сравн.
Она стала ещё красивее.
С утра пока темно
It sounds more like "In the morning, while it was still dark, [someone started to do smth.]". I guess native speakers could say this from time to time, but in fact it's a speech mistake.